В Екомузея е представено многообразието на животинските видове и защитените територии по поречието на река Дунав, както и съжителството на човека с природата. Музеят е разположен на четири етажа, където могат да се видят богата колекция от вкаменелости, както и диорами, представящи различни животински видове в реална среда. Тук се намира и най-големият сладководен аквариум в България с риби от Дунав и вливащите се в него реки. Специално внимание в експозицията е отделено на праисторическите животни. Представен е макет на космат мамут (Mammuthus primigenius) в реални размери. Изложена е и единствената в света най-цялостно запазена част от друг вид мамут – долната челюст от Mammuthus rumanus.